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마이크로어레이 데이터와 PPI 데이터를 이용한 에스트로겐 수용체 음성유방암 환자의 예후 특이 네트워크 식별 및 예후 예측Identification of prognosis-specific network and prediction for estrogen receptor-negative breast cancer using microarray data and PPI data
- Other Titles
- Identification of prognosis-specific network and prediction for estrogen receptor-negative breast cancer using microarray data and PPI data
- Issue Date
- 2015
- Publisher
- 한국컴퓨터정보학회
- Keywords
- 데이터마이닝; 분류분석; 마이크로어레이 데이터; 유방암; 예후 예측; PPI; data mining; classification; microarray data; breast cancer; prognosis prediction; PPI
- Citation
- 한국컴퓨터정보학회논문지, v.20, no.2, pp.137 - 147
- Journal Title
- 한국컴퓨터정보학회논문지
- Volume
- 20
- Number
- 2
- Start Page
- 137
- End Page
- 147
- ISSN
- 1598-849X
- Abstract
- 본 논문에서는 유전자 네트워크를 기반으로 유방암 환자의 예후를 예측하는 알고리듬을 제안한다. 유방암 환자의마이크로어레이 데이터와 PPI(Protein-protein interaction)데이터를 이용하여 알고리듬의 분류자로 사용될 예후 특이 네트워크(Prognosis specific gene network)를 추출한다. PPI에 속한 모든 유전자 네트워크에 대하여 각각의 네트워크가 예후 좋음과 나쁨을 잘 구분하는지에 대한 점수를 피어슨 상관계수(Pearson's correlation coefficient)와마이크로어레이 데이터를 이용하여 계산한다. 이들 중 가장 예후에 유의한 네트워크를 식별하고, 이 네트워크를 분류자로 사용하여 에스트로겐 수용체 음성 유방암 환자의 예후를 분류 분석 한다. 본 연구와 기존 연구의 알고리듬 정확도를 비교 분석 하기 위하여 독립 실험을 진행하고, 본 연구에서 제안된 알고리듬의 성능이 더 우수함을 보인다. 또한,Gene Ontology 데이터베이스를 활용하여 식별된 예후 특이 네트워크를 기능적으로 검증 한다.
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