단백질 상호작용 네트워크 및 유전자 발현값을 이용한 중복 허용 단백질 복합체 탐색 방법Detecting Overlapping Protein Complexes Employing Protein Interaction Network and Gene Expression Data
- Other Titles
- Detecting Overlapping Protein Complexes Employing Protein Interaction Network and Gene Expression Data
- Authors
- 안재균; 여윤구; 윤영미; 박상현
- Issue Date
- 2012
- Publisher
- 한국정보과학회
- Keywords
- 데이터 마이닝; 네트워크 클러스터링; 단백질 복합체; 단백질 상호 작용 네트워크; data mining; network clustering; protein complex; protein interaction network
- Citation
- 정보과학회논문지 : 데이타베이스, v.39, no.3, pp.202 - 209
- Journal Title
- 정보과학회논문지 : 데이타베이스
- Volume
- 39
- Number
- 3
- Start Page
- 202
- End Page
- 209
- URI
- https://scholarworks.bwise.kr/gachon/handle/2020.sw.gachon/17201
- ISSN
- 1229-7739
- Abstract
- 단백질 복합체(protein complex)를 찾아내는 것은 생물학적인 현상들을 이해하는 데 있어서 가장 기본적으로 선행되어야 할 과제 중 하나이다. 단백질 복합체를 찾는 방법 중 가장 널리 쓰이는 방법은 단백질 상호 작용 네트워크(protein interaction network)의 군집화(clustering)를 이용하는 것이다. 그러나 이러한 방법을 이용할 경우 단백질 상호 작용 네트워크의 각 간선(protein interaction)은 높은 거짓 긍정(false positive) 및 거짓 부정(false negative) 오류율을 보이기 때문에, 네트워크로부터 단백질 복합체를 정확히 찾아내는 것은 어려운 작업이다. 따라서 본 연구에서는 네트워크 데이터 외에도 유전자 발현값 데이터를 추가적으로 이용해서 단백질 복합체를 찾는 방법을 제시한다. 이 방법은 어떤 단백질은 여러 단백질 복합체에 속할 수 있으므로, 중복을 허용하는 네트워크 탐색 방법을 사용한다. 결과적으로, 본 연구에서 제시한 방법을 이용했을 경우 기존의 단백질 복합체 탐색 방법보다 정확하게 단백질 복합체를 찾음을 확인할 수 있었다.
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