Detailed Information
Cited 24 time in 
Cited 40 time in 
Cited 40 time in
Metadata Downloads
High-coverage whole-genome analysis of 1220 cancers reveals hundreds of genes deregulated by rearrangement-mediated cis-regulatory alterationsopen access
- Authors
- Zhang, Y.; Chen, F.; Fonseca, N.A.; He, Y.; Fujita, M.; Nakagawa, H.; Zhang, Z.; Brazma, A.; Amin, S.B.; Awadalla, P.; Bailey, P.J.; Brazma, A.; Brooks, A.N.; Calabrese, C.; Chateigner, A.; Cortés-Ciriano, I.; Craft, B.; Craft, D.; Creighton, C.J.; Davidson, N.R.; Demircioğlu, D.; Erkek, S.; Fonseca, N.A.; Frenkel-Morgenstern, M.; Goldman, M.J.; Greger, L.; Göke, J.; He, Y.; Hoadley, K.A.; Hou, Y.; Huska, M.R.; Kahles, A.; Khurana, E.; Kilpinen, H.; Korbel, J.O.; Lamaze, F.C.; Lehmann, K.-V.; Li, C.; Li, S.; Li, X.; Li, X.; Liu, D.; Liu, F.; Liu, X.; Marin, M.G.; Markowski, J.; Meyerson, M.; Nandi, T.; Nielsen, M.M.; Ojesina, A.I.; Ouellette, B.F.F.; Pan-Hammarström, Q.; Park, P.J.; Pedamallu, C.S.; Pedersen, J.S.; Perry, M.D.; Rätsch, G.; Schwarz, R.F.; Shiraishi, Y.; Siebert, R.; Soulette, C.M.; Stark, S.G.; Stegle, O.; Su, H.; Tan, P.; Teh, B.T.; Urban, L.; Wang, J.; Waszak, S.M.; Wu, K.; Xiang, Q.; Xiong, H.; Yakneen, S.; Yang, H.; Ye, C.; Yung, C.K.; Zhang, F.; Zhang, J.; Zhang, X.; Zhang, Z.; Zheng, L.; Zhu, J.; Zhu, S.; Akdemir, K.C.; Alvarez, E.G.; Baez-Ortega, A.; Beroukhim, R.; Boutros, P.C.; Bowtell, D.D.L.; Brors, B.; Burns, K.H.; Campbell, P.J.; Chan, K.; Chen, K.; Cortés-Ciriano, I.; Dueso-Barroso, A.; Dunford, A.J.; Edwards, P.A.; Estivill, X.; Etemadmoghadam, D.; Feuerbach, L.; Fink, J.L.; Frenkel-Morgenstern, M.; Garsed, D.W.; Gerstein, M.; Gordenin, D.A.; Haan, D.; Haber, J.E.; Hess, J.M.; Hutter, B.; Imielinski, M.; Jones, D.T.W.; Ju, Y.S.; Kazanov, M.D.; Klimczak, L.J.; Koh, Y.; Korbel, J.O.; Kumar, K.; Lee, E.A.; Lee, J.J.-K.; Li, Y.; Lynch, A.G.; Macintyre, G.; Markowetz, F.; Martincorena, I.; Martinez-Fundichely, A.; Miyano, S.; Nakagawa, H.; Navarro, F.C.P.; Ossowski, S.; Pearson, J.V.; Puiggròs, M.; Rippe, K.; Roberts, N.D.; Roberts, S.A.; Rodriguez-Martin, B.; Schumacher, S.E.; Scully, R.; Shackleton, M.; Sidiropoulos, N.; Sieverling, L.; Stewart, C.; Torrents, D.; Tubio, J.M.C.; Villasante, I.; Waddell, N.; Wala, J.A.; Weischenfeldt, J.; Yang, L.; Yao, X.; Yoon, S.-S.; Zamora, J.; Zhang, C.-Z.; Creighton, C.J.; Aaltonen, L.A.; Abascal, F.; Abeshouse, A.; Aburatani, H.; Adams, D.J.; Agrawal, N.; Ahn, K.S.; Ahn, S.-M.; Aikata, H.; Akbani, R.; Akdemir, K.C.; Al-Ahmadie, H.; Al-Sedairy, S.T.; Al-Shahrour, F.; Alawi, M.; Albert, M.; Aldape, K.; Alexandrov, L.B.; Ally, A.; Alsop, K.; Alvarez, E.G.; Amary, F.; Amin, S.B.; Aminou, B.; Ammerpohl, O.; Anderson, M.J.; Ang, Y.; Antonello, D.; Anur, P.; Aparicio, S.; Appelbaum, E.L.; Arai, Y.; Aretz, A.; Arihiro, K.; Ariizumi, S.-I.; Armenia, J.; Arnould, L.; Asa, S.; Assenov, Y.; Atwal, G.; Aukema, S.; Auman, J.T.; Aure, M.R.R.; Aymerich, M.; Bader, G.D.; Baez-Ortega, A.; Bailey, M.H.; Bailey, P.J.; Balasundaram, M.; Balu, S.; Bandopadhayay, P.; Banks, R.E.; Barbi, S.; Barbour, A.P.; Barenboim, J.; Barnholtz-Sloan, J.; Barr, H.; Barrera, E.; Bartlett, J.; Bartolome, J.; Bassi, C.; Bathe, O.F.; Baumhoer, D.; Bavi, P.; Baylin, S.B.; Bazant, W.; Beardsmore, D.; Beck, T.A.; Behjati, S.; Behren, A.; Niu, B.; Bell, C.; Beltran, S.; Benz, C.; Berchuck, A.; Bergmann, A.K.; Bergstrom, E.N.; Berman, B.P.; Berney, D.M.; Bernhart, S.H.; Beroukhim, R.; Berrios, M.; Bersani, S.; Bertl, J.; Betancourt, M.; Bhandari, V.; Bhosle, S.G.; Biankin, A.V.; Bieg, M.; Bigner, D.; Binder, H.; Birney, E.; Birrer, M.; Biswas, N.K.; Bjerkehagen, B.; Bodenheimer, T.; Boice, L.; Bonizzato, G.; De, Bono J.S.; Boot, A.; Bootwalla, M.S.; Borg, A.; Borkhardt, A.; Boroevich, K.A.; Borozan, I.; Borst, C.; Bosenberg, M.; Bosio, M.; Boultwood, J.; Bourque, G.; Boutros, P.C.; Bova, G.S.; Bowen, D.T.; Bowlby, R.; Bowtell, D.D.L.; Boyault, S.; Boyce, R.; Boyd, J.; Brazma, A.; Brennan, P.; Brewer, D.S.; Brinkman, A.B.; Bristow, R.G.; Broaddus, R.R.; Brock, J.E.; Brock, M.; Broeks, A.; Brooks, A.N.; Brooks, D.; Brors, B.; Brunak, S.; Bruxner, T.J.C.; Bruzos, A.L.; Buchanan, A.; Buchhalter, I.; Buchholz, C.; Bullman, S.; Burke, H.; Burkhardt, B.; Burns, K.H.; Busanovich, J.; Bustamante, C.D.; Butler, A.P.; Butte, A.J.; Byrne, N.J.; Børresen-Dale, A.-L.; Caesar-Johnson, S.J.; Cafferkey, A.; Cahill, D.; Calabrese, C.; Caldas, C.; Calvo, F.; Camacho, N.; Campbell, P.J.; Campo, E.; Cantù, C.; Cao, S.; Carey, T.E.; Carlevaro-Fita, J.; Carlsen, R.; Cataldo, I.; Cazzola, M.; Cebon, J.; Cerfolio, R.; Chadwick, D.E.; Chakravarty, D.; Chalmers, D.; Chan, C.W.Y.; Chan, K.; Chan-Seng-Yue, M.; Chandan, V.S.; Chang, D.K.; Chanock, S.J.; Chantrill, L.A.; Chateigner, A.; Chatterjee, N.; Chayama, K.; Chen, H.-W.; Chen, J.; Chen, K.; Chen, Y.; Chen, Z.; Cherniack, A.D.; Chien, J.; Chiew, Y.-E.; Chin, S.-F.; Cho, J.; Cho, S.; Choi, J.K.; Choi, W.; Chomienne, C.; Chong, Z.; Choo, S.P.; Chou, A.; Christ, A.N.; Christie, E.L.; Chuah, E.; Cibulskis, C.; Cibulskis, K.; Cingarlini, S.; Clapham, P.; Claviez, A.; Cleary, S.; Cloonan, N.; Cmero, M.; Collins, C.C.; Connor, A.A.; Cooke, S.L.; Cooper, C.S.; Cope, L.; Corbo, V.; Cordes, M.G.; Cordner, S.M.; Cortés-Ciriano, I.; Covington, K.; Cowin, P.A.; Craft, B.; Craft, D.; Creighton, C.J.; Cun, Y.; Curley, E.; Cutcutache, I.; Czajka, K.; Czerniak, B.; Dagg, R.A.; Danilova, L.; Davi, M.V.; Davidson, N.R.; Davies, H.; Davis, I.J.; Davis-Dusenbery, B.N.; Dawson, K.J.; De, La Vega F.M.; De, Paoli-Iseppi R.; Defreitas, T.; Tos, A.P.D.; Delaneau, O.; Demchok, J.A.; Demeulemeester, J.; Demidov, G.M.; Demircioğlu, D.; Dennis, N.M.; Denroche, R.E.; Dentro, S.C.; Desai, N.; Deshpande, V.; Deshwar, A.G.; Desmedt, C.; Deu-Pons, J.; Dhalla, N.; Dhani, N.C.; Dhingra, P.; Dhir, R.; DiBiase, A.; Diamanti, K.; Ding, L.; Ding, S.; Dinh, H.Q.; Dirix, L.; Doddapaneni, H.V.; Donmez, N.; Dow, M.T.; Drapkin, R.; Drechsel, O.; Drews, R.M.; Serge, S.; Dudderidge, T.; Dueso-Barroso, A.; Dunford, A.J.; Dunn, M.; Dursi, L.J.; Duthie, F.R.; Dutton-Regester, K.; Eagles, J.; Easton, D.F.; Edmonds, S.; Edwards, P.A.; Edwards, S.E.; Eeles, R.A.; Ehinger, A.; Eils, J.; Eils, R.; El-Naggar, A.; Eldridge, M.; Ellrott, K.; Erkek, S.; Escaramis, G.; Espiritu, S.M.G.; Estivill, X.; Etemadmoghadam, D.; Eyfjord, J.E.; Faltas, B.M.; Fan, D.; Fan, Y.; Faquin, W.C.; Farcas, C.; Fassan, M.; Fatima, A.; Favero, F.; Fayzullaev, N.; Felau, I.; Fereday, S.; Ferguson, M.L.; Ferretti, V.; Feuerbach, L.; Field, M.A.; Fink, J.L.; Finocchiaro, G.; Fisher, C.; Fittall, M.W.; Fitzgerald, A.; Fitzgerald, R.C.; Flanagan, A.M.; Fleshner, N.E.; Flicek, P.; Foekens, J.A.; Fong, K.M.; Fonseca, N.A.; Foster, C.S.; Fox, N.S.; Fraser, M.; Frazer, S.; Frenkel-Morgenstern, M.; Friedman, W.; Frigola, J.; Fronick, C.C.; Fujimoto, A.; Fujita, M.; Fukayama, M.; Fulton, L.A.; Fulton, R.S.; Furuta, M.; Futreal, P.A.; Füllgrabe, A.; Gabriel, S.B.; Gallinger, S.; Gambacorti-Passerini, C.; Gao, J.; Gao, S.; Garraway, L.; Garred, Ø.; Garrison, E.; Garsed, D.W.; Gehlenborg, N.; Gelpi, J.L.L.; George, J.; Gerhard, D.S.; Gerhauser, C.; Gershenwald, J.E.; Gerstein, M.; Gerstung, M.; Getz, G.; Ghori, M.; Ghossein, R.; Giama, N.H.; Gibbs, R.A.; Gibson, B.; Gill, A.J.; Gill, P.; Giri, D.D.; Glodzik, D.; Gnanapragasam, V.J.; Goebler, M.E.; Goldman, M.J.; Gomez, C.; Gonzalez, S.; Gonzalez-Perez, A.; Gordenin, D.A.; Gossage, J.; Gotoh, K.; Govindan, R.; Grabau, D.; Graham, J.S.; Grant, R.C.; Green, A.R.; Green, E.; Greger, L.; Grehan, N.; Grimaldi, S.; Grimmond, S.M.; Grossman, R.L.; Grundhoff, A.; Gundem, G.; Guo, Q.; Gupta, M.; Gupta, S.; Gut, I.G.; Gut, M.; Göke, J.; Ha, G.; Haake, A.; Haan, D.; Haas, S.; Haase, K.; Haber, J.E.; Habermann, N.; Hach, F.; Haider, S.; Hama, N.; Hamdy, F.C.; Hamilton, A.; Hamilton, M.P.; Han, L.; Hanna, G.B.; Hansmann, M.; Haradhvala, N.J.; Harismendy, O.; Harliwong, I.; Harmanci, A.O.; Harrington, E.; Hasegawa, T.; Haussler, D.; Hawkins, S.; Hayami, S.; Hayashi, S.; Hayes, D.N.; Hayes, S.J.; Hayward, N.K.; Hazell, S.; He, Y.; Heath, A.P.; Heath, S.C.; Hedley, D.; Hegde, A.M.; Heiman, D.I.; Heinold, M.C.; Heins, Z.; Heisler, L.E.; Hellstrom-Lindberg, E.; Helmy, M.; Heo, S.G.; Hepperla, A.J.; Heredia-Genestar, J.M.; Herrmann, C.; Hersey, P.; Hess, J.M.; Hilmarsdottir, H.; Hinton, J.; Hirano, S.; Hiraoka, N.; Hoadley, K.A.; Hobolth, A.; Hodzic, E.; Hoell, J.I.; Hoffmann, S.; Hofmann, O.; Holbrook, A.; Holik, A.Z.; Hollingsworth, M.A.; Holmes, O.; Holt, R.A.; Hong, C.; Hong, E.P.; Hong, J.H.; Hooijer, G.K.; Hornshøj, H.; Hosoda, F.; Hou, Y.; Hovestadt, V.; Howat, W.; Hoyle, A.P.; Hruban, R.H.; Hu, J.; Hu, T.; Hua, X.; Huang, K.-L.; Huang, M.; Huang, M.N.; Huang, V.; Huang, Y.; Huber, W.; Hudson, T.J.; Hummel, M.; Hung, J.A.; Huntsman, D.; Hupp, T.R.; Huse, J.; Huska, M.R.; Hutter, B.; Hutter, C.M.; Hübschmann, D.; Iacobuzio-Donahue, C.A.; Imbusch, C.D.; Imielinski, M.; Imoto, S.; Isaacs, W.B.; Isaev, K.; Ishikawa, S.; Iskar, M.; Islam, S.M.A.; Ittmann, M.; Ivkovic, S.; Izarzugaza, J.M.G.; Jacquemier, J.; Jakrot, V.; Jamieson, N.B.; Jang, G.H.; Jang, S.J.; Jayaseelan, J.C.; Jayasinghe, R.; Jefferys, S.R.; Jegalian, K.; Jennings, J.L.; Jeon, S.-H.; Jerman, L.; Ji, Y.; Jiao, W.; Johansson, P.A.; Johns, A.L.; Johns, J.; Johnson, R.; Johnson, T.A.; Jolly, C.; Joly, Y.; Jonasson, J.G.; Jones, C.D.; Jones, D.R.; Jones, D.T.W.; Jones, N.; Jones, S.J.M.; Jonkers, J.; Ju, Y.S.; Juhl, H.; Jung, J.; Juul, M.; Juul, R.I.; Juul, S.; Jäger, N.; Kabbe, R.; Kahles, A.; Kahraman, A.; Kaiser, V.B.; Kakavand, H.; Kalimuthu, S.; von, Kalle C.; Kang, K.J.; Karaszi, K.; Karlan, B.; Karlić, R.; Karsch, D.; Kasaian, K.; Kassahn, K.S.; Katai, H.; Kato, M.; Katoh, H.; Kawakami, Y.; Kay, J.D.; Kazakoff, S.H.; Kazanov, M.D.; Keays, M.; Kebebew, E.; Kefford, R.F.; Kellis, M.; Kench, J.G.; Kennedy, C.J.; Kerssemakers, J.N.A.; Khoo, D.; Khoo, V.; Khuntikeo, N.; Khurana, E.; Kilpinen, H.; Kim, H.K.; Kim, H.-L.; Kim, H.-Y.; Kim, H.; Kim, J.; Kim, J.; Kim, J.K.; Kim, Y.; King, T.A.; Klapper, W.; Kleinheinz, K.; Klimczak, L.J.; Knappskog, S.; Kneba, M.; Knoppers, B.M.; Koh, Y.; Jan, Komorowski; Komura, D.; Komura, M.; Kong, G.; Kool, M.; Korbel, J.O.; Korchina, V.; Korshunov, A.; Koscher, M.; Koster, R.; Kote-Jarai, Z.; Koures, A.; Kovacevic, M.; Kremeyer, B.; Kretzmer, H.; Kreuz, M.; Krishnamurthy, S.; Kube, D.; Kumar, K.; Kumar, P.; Kumar, S.; Kumar, Y.; Kundra, R.; Kübler, K.; Küppers, R.; Lagergren, J.; Lai, P.H.; Laird, P.W.; Lakhani, S.R.; Lalansingh, C.M.; Lalonde, E.; Lamaze, F.C.; Lambert, A.; Lander, E.; Landgraf, P.; Landoni, L.; Langerød, A.; Lanzós, A.; Larsimont, D.; Larsson, E.; Lathrop, M.; Lau, L.M.S.; Lawerenz, C.; Lawlor, R.T.; Lawrence, M.S.; Lazar, A.J.; Lazic, A.M.; Le, X.; Lee, D.; Lee, D.; Lee, E.A.; Lee, H.J.; Lee, J.J.-K.; Lee, J.-Y.; Lee, J.; Lee, M.T.M.; Lee-Six, H.; Lehmann, K.-V.; Lehrach, H.; Lenze, D.; Leonard, C.R.; Leongamornlert, D.A.; Leshchiner, I.; Letourneau, L.; Letunic, I.; Levine, D.A.; Lewis, L.; Ley, T.; Li, C.; Li, C.H.; Li, H.I.; Li, J.; Li, L.; Li, S.; Li, S.; Li, X.; Li, X.; Li, X.; Li, Y.; Liang, H.; Liang, S.-B.; Lichter, P.; Lin, P.; Lin, Z.; Linehan, W.M.; Lingjærde, O.C.; Liu, D.; Liu, E.M.; Liu, F.-F.F.; Liu, F.; Liu, J.; Liu, X.; Livingstone, J.; Livitz, D.; Livni, N.; Lochovsky, L.; Loeffler, M.; Long, G.V.; Lopez-Guillermo, A.; Lou, S.; Louis, D.N.; Lovat, L.B.; Lu, Y.; Lu, Y.-J.; Lu, Y.; Luchini, C.; Lungu, I.; Luo, X.; Luxton, H.J.; Lynch, A.G.; Lype, L.; López, C.; López-Otín, C.; Ma, E.Z.; Ma, Y.; MacGrogan, G.; MacRae, S.; Macintyre, G.; Madsen, T.; Maejima, K.; Mafficini, A.; Maglinte, D.T.; Maitra, A.; Majumder, P.P.; Malcovati, L.; Malikic, S.; Malleo, G.; Mann, G.J.; Mantovani-Löffler, L.; Marchal, K.; Marchegiani, G.; Mardis, E.R.; Margolin, A.A.; Marin, M.G.; Markowetz, F.; Markowski, J.; Marks, J.; Marques-Bonet, T.; Marra, M.A.; Marsden, L.; Martens, J.W.M.; Martin, S.; Martin-Subero, J.I.; Martincorena, I.; Martinez-Fundichely, A.; Maruvka, Y.E.; Mashl, R.J.; Massie, C.E.; Matthew, T.J.; Matthews, L.; Mayer, E.; Mayes, S.; Mayo, M.; Mbabaali, F.; McCune, K.; McDermott, U.; McGillivray, P.D.; McLellan, M.D.; McPherson, J.D.; McPherson, J.R.; McPherson, T.A.; Meier, S.R.; Meng, A.; Meng, S.; Menzies, A.; Merrett, N.D.; Merson, S.; Mieczkowski, P.A.; Mihaiescu, G.L.; Mijalkovic, S.; Mikkelsen, T.; Milella, M.; Mileshkin, L.; Miller, C.A.; Miller, D.K.; Miller, J.K.; Mills, G.B.; Milovanovic, A.; Minner, S.; Miotto, M.; Arnau, G.M.; Mirabello, L.; Mitchell, C.; Mitchell, T.J.; Miyano, S.; Miyoshi, N.; Mizuno, S.; Molnár-Gábor, F.; Moore, M.J.; Moore, R.A.; Morganella, S.; Morris, Q.D.; Morrison, C.; Mose, L.E.; Moser, C.D.; Muiños, F.; Mularoni, L.; Mungall, A.J.; Mungall, K.; Musgrove, E.A.; Mustonen, V.; Mutch, D.; Muyas, F.; Muzny, D.M.; Muñoz, A.; Myers, J.; Myklebost, O.; Möller, P.; Nagae, G.; Nagrial, A.M.; Nahal-Bose, H.K.; Nakagama, H.; Nakagawa, H.; Nakamura, H.; Nakamura, T.; Nakano, K.; Nandi, T.; Nangalia, J.; Nastic, M.; Navarro, A.; Navarro, F.C.P.; Neal, D.E.; Nettekoven, G.; Newell, F.; Newhouse, S.J.; Newton, Y.; Ng, A.W.T.; Ng, A.; Nicholson, J.; Nicol, D.; Nie, Y.; Nielsen, G.P.; Nielsen, M.M.; Nik-Zainal, S.; Noble, M.S.; Nones, K.; Northcott, P.A.; Notta, F.; O’Connor, B.D.; O’Donnell, P.; O’Donovan, M.; O’Meara, S.; O’Neill, B.P.; O’Neill, J.R.; Ocana, D.; Ochoa, A.; Oesper, L.; Ogden, C.; Ohdan, H.; Ohi, K.; Ohno-Machado, L.; Oien, K.A.; Ojesina, A.I.; Ojima, H.; Okusaka, T.; Omberg, L.; Ong, C.K.; Ossowski, S.; Ott, G.; Ouellette, B.F.F.; P’ng, C.; Paczkowska, M.; Paiella, S.; Pairojkul, C.; Pajic, M.; Pan-Hammarström, Q.; Papaemmanuil, E.; Papatheodorou, I.; Paramasivam, N.; Park, J.W.; Park, J.-W.; Park, K.; Park, K.; Parker, J.S.; Parsons, S.L.; Pass, H.; Pasternack, D.; Pastore, A.; Patch, A.-M.; Pauporté, I.; Pea, A.; Pearson, J.V.; Pedamallu, C.S.; Pedersen, J.S.; Pederzoli, P.; Peifer, M.; Pennell, N.A.; Perou, C.M.; Perry, M.D.; Petersen, G.M.; Peto, M.; Petrelli, N.; Petryszak, R.; Pfister, S.M.; Phillips, M.; Pich, O.; Pickett, H.A.; Pihl, T.D.; Pillay, N.; Pinder, S.; Pinese, M.; Pinho, A.V.; Pitkänen, E.; Pivot, X.; Piñeiro-Yáñez, E.; Planko, L.; Plass, C.; Polak, P.; Pons, T.; Popescu, I.; Potapova, O.; Prasad, A.; Preston, S.R.; Prinz, M.; Pritchard, A.L.; Prokopec, S.D.; Provenzano, E.; Puente, X.S.; Puig, S.; Puiggròs, M.; Pulido-Tamayo, S.; Pupo, G.M.; Purdie, C.A.; Quinn, M.C.; Rabionet, R.; Rader, J.S.; Radlwimmer, B.; Radovic, P.; Raeder, B.; Raine, K.M.; Ramakrishna, M.; Ramakrishnan, K.; Ramalingam, S.; Raphael, B.J.; Rathmell, W.K.; Rausch, T.; Reifenberger, G.; Reimand, J.; Reis-Filho, J.; Reuter, V.; Reyes-Salazar, I.; Reyna, M.A.; Reynolds, S.M.; Rheinbay, E.; Riazalhosseini, Y.; Richardson, A.L.; Richter, J.; Ringel, M.; Ringnér, M.; Rino, Y.; Rippe, K.; Roach, J.; Roberts, L.R.; Roberts, N.D.; Roberts, S.A.; Robertson, A.G.; Robertson, A.J.; Rodriguez, J.B.; Rodriguez-Martin, B.; Rodríguez-González, F.G.; Roehrl, M.H.A.; Rohde, M.; Rokutan, H.; Romieu, G.; Rooman, I.; Roques, T.; Rosebrock, D.; Rosenberg, M.; Rosenstiel, P.C.; Rosenwald, A.; Rowe, E.W.; Royo, R.; Rozen, S.G.; Rubanova, Y.; Rubin, M.A.; Rubio-Perez, C.; Rudneva, V.A.; Rusev, B.C.; Ruzzenente, A.; Rätsch, G.; Sabarinathan, R.; Sabelnykova, V.Y.; Sadeghi, S.; Sahinalp, S.C.; Saini, N.; Saito-Adachi, M.; Saksena, G.; Salcedo, A.; Salgado, R.; Salichos, L.; Sallari, R.; Saller, C.; Salvia, R.; Sam, M.; Samra, J.S.; Sanchez-Vega, F.; Sander, C.; Sanders, G.; Sarin, R.; Sarrafi, I.; Sasaki-Oku, A.; Sauer, T.; Sauter, G.; Saw, R.P.M.; Scardoni, M.; Scarlett, C.J.; Scarpa, A.; Scelo, G.; Schadendorf, D.; Schein, J.E.; Schilhabel, M.B.; Schlesner, M.; Schlomm, T.; Schmidt, H.K.; Schramm, S.-J.; Schreiber, S.; Schultz, N.; Schumacher, S.E.; Schwarz, R.F.; Scolyer, R.A.; Scott, D.; Scully, R.; Seethala, R.; Segre, A.V.; Selander, I.; Semple, C.A.; Senbabaoglu, Y.; Sengupta, S.; Sereni, E.; Serra, S.; Sgroi, D.C.; Shackleton, M.; Shah, N.C.; Shahabi, S.; Shang, C.A.; Shang, P.; Shapira, O.; Shelton, T.; Shen, C.; Shen, H.; Shepherd, R.; Shi, R.; Shi, Y.; Shiah, Y.-J.; Shibata, T.; Shih, J.; Shimizu, E.; Shimizu, K.; Shin, S.J.; Shiraishi, Y.; Shmaya, T.; Shmulevich, I.; Shorser, S.I.; Short, C.; Shrestha, R.; Shringarpure, S.S.; Shriver, C.; Shuai, S.; Sidiropoulos, N.; Siebert, R.; Sieuwerts, A.M.; Sieverling, L.; Signoretti, S.; Sikora, K.O.; Simbolo, M.; Simon, R.; Simons, J.V.; Simpson, J.T.; Simpson, P.T.; Singer, S.; Sinnott-Armstrong, N.; Sipahimalani, P.; Skelly, T.J.; Smid, M.; Smith, J.; Smith-McCune, K.; Socci, N.D.; Sofia, H.J.; Soloway, M.G.; Song, L.; Sood, A.K.; Sothi, S.; Sotiriou, C.; Soulette, C.M.; Span, P.N.; Spellman, P.T.; Sperandio, N.; Spillane, A.J.; Spiro, O.; Spring, J.; Staaf, J.; Stadler, P.F.; Staib, P.; Stark, S.G.; Stebbings, L.; Stefánsson, Ó.A.; Stegle, O.; Stein, L.D.; Stenhouse, A.; Stewart, C.; Stilgenbauer, S.; Stobbe, M.D.; Stratton, M.R.; Stretch, J.R.; Struck, A.J.; Stuart, J.M.; Stunnenberg, H.G.; Su, H.; Su, X.; Sun, R.X.; Sungalee, S.; Susak, H.; Suzuki, A.; Sweep, F.; Szczepanowski, M.; Sültmann, H.; Yugawa, T.; Tam, A.; Tamborero, D.; Tan, B.K.T.; Tan, D.; Tan, P.; Tanaka, H.; Taniguchi, H.; Tanskanen, T.J.; Tarabichi, M.; Tarnuzzer, R.; Tarpey, P.; Taschuk, M.L.; Tatsuno, K.; Tavaré, S.; Taylor, D.F.; Taylor-Weiner, A.; Teague, J.W.; Teh, B.T.; Tembe, V.; Temes, J.; Thai, K.; Thayer, S.P.; Thiessen, N.; Thomas, G.; Thomas, S.; Thompson, A.; Thompson, A.M.; Thompson, J.F.F.; Thompson, R.H.; Thorne, H.; Thorne, L.B.; Thorogood, A.; Tiao, G.; Tijanic, N.; Timms, L.E.; Tirabosco, R.; Tojo, M.; Tommasi, S.; Toon, C.W.; Toprak, U.H.; Torrents, D.; Tortora, G.; Tost, J.; Totoki, Y.; Townend, D.; Traficante, N.; Treilleux, I.; Trotta, J.-R.; Trümper, L.H.P.; Tsao, M.; Tsunoda, T.; Tubio, J.M.C.; Tucker, O.; Turkington, R.; Turner, D.J.; Tutt, A.; Ueno, M.; Ueno, N.T.; Umbricht, C.; Umer, H.M.; Underwood, T.J.; Urban, L.; Urushidate, T.; Ushiku, T.; Uusküla-Reimand, L.; Valencia, A.; Van, Den Berg D.J.; Van, Laere S.; Van, Loo P.; Van, Meir E.G.; Van, den Eynden G.G.; Van, der Kwast T.; Vasudev, N.; Vazquez, M.; Vedururu, R.; Veluvolu, U.; Vembu, S.; Verbeke, L.P.C.; Vermeulen, P.; Verrill, C.; Viari, A.; Vicente, D.; Vicentini, C.; VijayRaghavan, K.; Viksna, J.; Vilain, R.E.; Villasante, I.; Vincent-Salomon, A.; Visakorpi, T.; Voet, D.; Vyas, P.; Vázquez-García, I.; Waddell, N.M.; Waddell, N.; Wadelius, C.; Wadi, L.; Wagener, R.; Wala, J.A.; Wang, J.; Wang, J.; Wang, L.; Wang, Q.; Wang, W.; Wang, Y.; Wang, Z.; Waring, P.M.; Warnatz, H.-J.; Warrell, J.; Warren, A.Y.; Waszak, S.M.; Wedge, D.C.; Weichenhan, D.; Weinberger, P.; Weinstein, J.N.; Weischenfeldt, J.; Weisenberger, D.J.; Welch, I.; Wendl, M.C.; Werner, J.; Whalley, J.P.; Wheeler, D.A.; Whitaker, H.C.; Wigle, D.; Wilkerson, M.D.; Williams, A.; Wilmott, J.S.; Wilson, G.W.; Wilson, J.M.; Wilson, R.K.; Winterhoff, B.; Wintersinger, J.A.; Wiznerowicz, M.; Wolf, S.; Wong, B.H.; Wong, T.; Wong, W.; Woo, Y.; Wood, S.; Wouters, B.G.; Wright, A.J.; Wright, D.W.; Wright, M.H.; Wu, C.-L.; Wu, D.-Y.; Wu, G.; Wu, J.; Wu, K.; Wu, Y.; Wu, Z.; Xi, L.; Xia, T.; Xiang, Q.; Xiao, X.; Xing, R.; Xiong, H.; Xu, Q.; Xu, Y.; Xue, H.; Yachida, S.; Yakneen, S.; Yamaguchi, R.; Yamaguchi, T.N.; Yamamoto, M.; Yamamoto, S.; Yamaue, H.; Yang, F.; Yang, H.; Yang, J.Y.; Yang, L.; Yang, L.; Yang, S.; Yang, T.-P.; Yang, Y.; Yao, X.; Yaspo, M.-L.; Yates, L.; Yau, C.; Ye, C.; Ye, K.; Yellapantula, V.D.; Yoon, C.J.; Yoon, S.-S.; Yousif, F.; Yu, J.; Yu, K.; Yu, W.; Yu, Y.; Yuan, K.; Yuan, Y.; Yuen, D.; Yung, C.K.; Zaikova, O.; Zamora, J.; Zapatka, M.; Zenklusen, J.C.; Zenz, T.; Zeps, N.; Zhang, C.-Z.; Zhang, F.; Zhang, H.; Zhang, H.; Zhang, H.; Zhang, J.; Zhang, J.; Zhang, J.; Zhang, X.; Zhang, X.; Zhang, Y.; Zhang, Z.; Zhao, Z.; Zheng, L.; Zheng, X.; Zhou, W.; Zhou, Y.; Zhu, B.; Zhu, H.; Zhu, J.; Zhu, S.; Zou, L.; Zou, X.; deFazio, A.; van, As N.; van, Deurzen C.H.M.; van, de Vijver M.J.; van’t, Veer L.; von, Mering C.; PCAWG Transcriptome Working Group; PCAWG Structural Variation Working Group; PCAWG Consortium
- Issue Date
- Dec-2020
- Publisher
- Nature Research
- Citation
- Nature Communications, v.11, no.1
- Journal Title
- Nature Communications
- Volume
- 11
- Number
- 1
- ISSN
- 2041-1723
- Abstract
- The impact of somatic structural variants (SVs) on gene expression in cancer is largely unknown. Here, as part of the ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium, which aggregated whole-genome sequencing data and RNA sequencing from a common set of 1220 cancer cases, we report hundreds of genes for which the presence within 100 kb of an SV breakpoint associates with altered expression. For the majority of these genes, expression increases rather than decreases with corresponding breakpoint events. Up-regulated cancer-associated genes impacted by this phenomenon include TERT, MDM2, CDK4, ERBB2, CD274, PDCD1LG2, and IGF2. TERT-associated breakpoints involve ~3% of cases, most frequently in liver biliary, melanoma, sarcoma, stomach, and kidney cancers. SVs associated with up-regulation of PD1 and PDL1 genes involve ~1% of non-amplified cases. For many genes, SVs are significantly associated with increased numbers or greater proximity of enhancer regulatory elements near the gene. DNA methylation near the promoter is often increased with nearby SV breakpoint, which may involve inactivation of repressor elements. © 2020, The Author(s).
- Files in This Item
- There are no files associated with this item.
- Appears in
Collections - 의과대학 > 의예과 > 1. Journal Articles
Items in ScholarWorks are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.
Related Researcher
- Ahn, Sung Min
- College of Medicine (Premedical Course)