Detailed Information
Cited 51 time in 
Cited 55 time in 
Cited 55 time in
Metadata Downloads
Pathway and network analysis of more than 2500 whole cancer genomesopen access
- Authors
- Reyna, M.A.; Haan, D.; Paczkowska, M.; Verbeke, L.P.C.; Vazquez, M.; Kahraman, A.; Pulido-Tamayo, S.; Barenboim, J.; Wadi, L.; Dhingra, P.; Shrestha, R.; Getz, G.; Lawrence, M.S.; Pedersen, J.S.; Rubin, M.A.; Wheeler, D.A.; Brunak, S.; Izarzugaza, J.M.G.; Khurana, E.; Marchal, K.; von, Mering C.; Sahinalp, S.C.; Valencia, A.; Abascal, F.; Amin, S.B.; Bader, G.D.; Bandopadhayay, P.; Beroukhim, R.; Bertl, J.; Boroevich, K.A.; Busanovich, J.; Campbell, P.J.; Carlevaro-Fita, J.; Chakravarty, D.; Chan, C.W.Y.; Chen, K.; Choi, J.K.; Deu-Pons, J.; Diamanti, K.; Feuerbach, L.; Fink, J.L.; Fonseca, N.A.; Frigola, J.; Gambacorti-Passerini, C.; Garsed, D.W.; Gerstein, M.; Guo, Q.; Gut, I.G.; Hamilton, M.P.; Haradhvala, N.J.; Harmanci, A.O.; Helmy, M.; Herrmann, C.; Hess, J.M.; Hobolth, A.; Hodzic, E.; Hong, C.; Hornshøj, H.; Isaev, K.; Johnson, R.; Johnson, T.A.; Juul, M.; Juul, R.I.; Kahles, A.; Kellis, M.; Kim, J.; Kim, J.K.; Kim, Y.; Komorowski, J.; Korbel, J.O.; Kumar, S.; Lanzós, A.; Larsson, E.; Lee, D.; Lehmann, K.-V.; Li, S.; Li, X.; Lin, Z.; Liu, E.M.; Lochovsky, L.; Lou, S.; Madsen, T.; Martincorena, I.; Martinez-Fundichely, A.; Maruvka, Y.E.; McGillivray, P.D.; Meyerson, W.; Muiños, F.; Mularoni, L.; Nakagawa, H.; Nielsen, M.M.; Park, K.; Park, K.; Pons, T.; Reyes-Salazar, I.; Rheinbay, E.; Rubio-Perez, C.; Saksena, G.; Salichos, L.; Sander, C.; Schumacher, S.E.; Shackleton, M.; Shapira, O.; Shen, C.; Shuai, S.; Sidiropoulos, N.; Sieverling, L.; Sinnott-Armstrong, N.; Stein, L.D.; Tamborero, D.; Tiao, G.; Tsunoda, T.; Umer, H.M.; Uusküla-Reimand, L.; Wadelius, C.; Wang, J.; Warrell, J.; Waszak, S.M.; Weischenfeldt, J.; Wu, G.; Yu, J.; Zhang, J.; Zhang, X.; Zhang, Y.; Zhao, Z.; Zou, L.; Reimand, J.; Stuart, J.M.; Raphael, B.J.; Aaltonen, L.A.; Abascal, F.; Abeshouse, A.; Aburatani, H.; Adams, D.J.; Agrawal, N.; Ahn, K.S.; Ahn, S.-M.; Aikata, H.; Akbani, R.; Akdemir, K.C.; Al-Ahmadie, H.; Al-Sedairy, S.T.; Al-Shahrour, F.; Alawi, M.; Albert, M.; Aldape, K.; Alexandrov, L.B.; Ally, A.; Alsop, K.; Alvarez, E.G.; Amary, F.; Amin, S.B.; Aminou, B.; Ammerpohl, O.; Anderson, M.J.; Ang, Y.; Antonello, D.; Anur, P.; Aparicio, S.; Appelbaum, E.L.; Arai, Y.; Aretz, A.; Arihiro, K.; Ariizumi, S.-I.; Armenia, J.; Arnould, L.; Asa, S.; Assenov, Y.; Atwal, G.; Aukema, S.; Auman, J.T.; Aure, M.R.R.; Awadalla, P.; Aymerich, M.; Bader, G.D.; Baez-Ortega, A.; Bailey, M.H.; Bailey, P.J.; Balasundaram, M.; Balu, S.; Bandopadhayay, P.; Banks, R.E.; Barbi, S.; Barbour, A.P.; Barenboim, J.; Barnholtz-Sloan, J.; Barr, H.; Barrera, E.; Bartlett, J.; Bartolome, J.; Bassi, C.; Bathe, O.F.; Baumhoer, D.; Bavi, P.; Baylin, S.B.; Bazant, W.; Beardsmore, D.; Beck, T.A.; Behjati, S.; Behren, A.; Niu, B.; Bell, C.; Beltran, S.; Benz, C.; Berchuck, A.; Bergmann, A.K.; Bergstrom, E.N.; Berman, B.P.; Berney, D.M.; Bernhart, S.H.; Beroukhim, R.; Berrios, M.; Bersani, S.; Bertl, J.; Betancourt, M.; Bhandari, V.; Bhosle, S.G.; Biankin, A.V.; Bieg, M.; Bigner, D.; Binder, H.; Birney, E.; Birrer, M.; Biswas, N.K.; Bjerkehagen, B.; Bodenheimer, T.; Boice, L.; Bonizzato, G.; De, Bono J.S.; Boot, A.; Bootwalla, M.S.; Borg, A.; Borkhardt, A.; Boroevich, K.A.; Borozan, I.; Borst, C.; Bosenberg, M.; Bosio, M.; Boultwood, J.; Bourque, G.; Boutros, P.C.; Bova, G.S.; Bowen, D.T.; Bowlby, R.; Bowtell, D.D.L.; Boyault, S.; Boyce, R.; Boyd, J.; Brazma, A.; Brennan, P.; Brewer, D.S.; Brinkman, A.B.; Bristow, R.G.; Broaddus, R.R.; Brock, J.E.; Brock, M.; Broeks, A.; Brooks, A.N.; Brooks, D.; Brors, B.; Brunak, S.; Bruxner, T.J.C.; Bruzos, A.L.; Buchanan, A.; Buchhalter, I.; Buchholz, C.; Bullman, S.; Burke, H.; Burkhardt, B.; Burns, K.H.; Busanovich, J.; Bustamante, C.D.; Butler, A.P.; Butte, A.J.; Byrne, N.J.; Børresen-Dale, A.-L.; Caesar-Johnson, S.J.; Cafferkey, A.; Cahill, D.; Calabrese, C.; Caldas, C.; Calvo, F.; Camacho, N.; Campbell, P.J.; Campo, E.; Cantù, C.; Cao, S.; Carey, T.E.; Carlevaro-Fita, J.; Carlsen, R.; Cataldo, I.; Cazzola, M.; Cebon, J.; Cerfolio, R.; Chadwick, D.E.; Chakravarty, D.; Chalmers, D.; Chan, C.W.Y.; Chan, K.; Chan-Seng-Yue, M.; Chandan, V.S.; Chang, D.K.; Chanock, S.J.; Chantrill, L.A.; Chateigner, A.; Chatterjee, N.; Chayama, K.; Chen, H.-W.; Chen, J.; Chen, K.; Chen, Y.; Chen, Z.; Cherniack, A.D.; Chien, J.; Chiew, Y.-E.; Chin, S.-F.; Cho, J.; Cho, S.; Choi, J.K.; Choi, W.; Chomienne, C.; Chong, Z.; Choo, S.P.; Chou, A.; Christ, A.N.; Christie, E.L.; Chuah, E.; Cibulskis, C.; Cibulskis, K.; Cingarlini, S.; Clapham, P.; Claviez, A.; Cleary, S.; Cloonan, N.; Cmero, M.; Collins, C.C.; Connor, A.A.; Cooke, S.L.; Cooper, C.S.; Cope, L.; Corbo, V.; Cordes, M.G.; Cordner, S.M.; Cortés-Ciriano, I.; Covington, K.; Cowin, P.A.; Craft, B.; Craft, D.; Creighton, C.J.; Cun, Y.; Curley, E.; Cutcutache, I.; Czajka, K.; Czerniak, B.; Dagg, R.A.; Danilova, L.; Davi, M.V.; Davidson, N.R.; Davies, H.; Davis, I.J.; Davis-Dusenbery, B.N.; Dawson, K.J.; De, La Vega F.M.; De, Paoli-Iseppi R.; Defreitas, T.; Tos, A.P.D.; Delaneau, O.; Demchok, J.A.; Demeulemeester, J.; Demidov, G.M.; Demircioğlu, D.; Dennis, N.M.; Denroche, R.E.; Dentro, S.C.; Desai, N.; Deshpande, V.; Deshwar, A.G.; Desmedt, C.; Deu-Pons, J.; Dhalla, N.; Dhani, N.C.; Dhingra, P.; Dhir, R.; DiBiase, A.; Diamanti, K.; Ding, L.; Ding, S.; Dinh, H.Q.; Dirix, L.; Doddapaneni, H.V.; Donmez, N.; Dow, M.T.; Drapkin, R.; Drechsel, O.; Drews, R.M.; Serge, S.; Dudderidge, T.; Dueso-Barroso, A.; Dunford, A.J.; Dunn, M.; Dursi, L.J.; Duthie, F.R.; Dutton-Regester, K.; Eagles, J.; Easton, D.F.; Edmonds, S.; Edwards, P.A.; Edwards, S.E.; Eeles, R.A.; Ehinger, A.; Eils, J.; Eils, R.; El-Naggar, A.; Eldridge, M.; Ellrott, K.; Erkek, S.; Escaramis, G.; Espiritu, S.M.G.; Estivill, X.; Etemadmoghadam, D.; Eyfjord, J.E.; Faltas, B.M.; Fan, D.; Fan, Y.; Faquin, W.C.; Farcas, C.; Fassan, M.; Fatima, A.; Favero, F.; Fayzullaev, N.; Felau, I.; Fereday, S.; Ferguson, M.L.; Ferretti, V.; Feuerbach, L.; Field, M.A.; Fink, J.L.; Finocchiaro, G.; Fisher, C.; Fittall, M.W.; Fitzgerald, A.; Fitzgerald, R.C.; Flanagan, A.M.; Fleshner, N.E.; Flicek, P.; Foekens, J.A.; Fong, K.M.; Fonseca, N.A.; Foster, C.S.; Fox, N.S.; Fraser, M.; Frazer, S.; Frenkel-Morgenstern, M.; Friedman, W.; Frigola, J.; Fronick, C.C.; Fujimoto, A.; Fujita, M.; Fukayama, M.; Fulton, L.A.; Fulton, R.S.; Furuta, M.; Futreal, P.A.; Füllgrabe, A.; Gabriel, S.B.; Gallinger, S.; Gambacorti-Passerini, C.; Gao, J.; Gao, S.; Garraway, L.; Garred, Ø.; Garrison, E.; Garsed, D.W.; Gehlenborg, N.; Gelpi, J.L.L.; George, J.; Gerhard, D.S.; Gerhauser, C.; Gershenwald, J.E.; Gerstung, M.; Getz, G.; Ghori, M.; Ghossein, R.; Giama, N.H.; Gibbs, R.A.; Gibson, B.; Gill, A.J.; Gill, P.; Giri, D.D.; Glodzik, D.; Gnanapragasam, V.J.; Goebler, M.E.; Goldman, M.J.; Gomez, C.; Gonzalez, S.; Gonzalez-Perez, A.; Gordenin, D.A.; Gossage, J.; Gotoh, K.; Govindan, R.; Grabau, D.; Graham, J.S.; Grant, R.C.; Green, A.R.; Green, E.; Greger, L.; Grehan, N.; Grimaldi, S.; Grimmond, S.M.; Grossman, R.L.; Grundhoff, A.; Gundem, G.; Guo, Q.; Gupta, M.; Gupta, S.; Gut, I.G.; Gut, M.; Göke, J.; Ha, G.; Haake, A.; Haan, D.; Haas, S.; Haase, K.; Haber, J.E.; Habermann, N.; Hach, F.; Haider, S.; Hama, N.; Hamdy, F.C.; Hamilton, A.; Hamilton, M.P.; Han, L.; Hanna, G.B.; Hansmann, M.; Haradhvala, N.J.; Harismendy, O.; Harliwong, I.; Harmanci, A.O.; Harrington, E.; Hasegawa, T.; Haussler, D.; Hawkins, S.; Hayami, S.; Hayashi, S.; Hayes, D.N.; Hayes, S.J.; Hayward, N.K.; Hazell, S.; He, Y.; Heath, A.P.; Heath, S.C.; Hedley, D.; Hegde, A.M.; Heiman, D.I.; Heinold, M.C.; Heins, Z.; Heisler, L.E.; Hellstrom-Lindberg, E.; Helmy, M.; Heo, S.G.; Hepperla, A.J.; Heredia-Genestar, J.M.; Herrmann, C.; Hersey, P.; Hess, J.M.; Hilmarsdottir, H.; Hinton, J.; Hirano, S.; Hiraoka, N.; Hoadley, K.A.; Hobolth, A.; Hodzic, E.; Hoell, J.I.; Hoffmann, S.; Hofmann, O.; Holbrook, A.; Holik, A.Z.; Hollingsworth, M.A.; Holmes, O.; Holt, R.A.; Hong, C.; Hong, E.P.; Hong, J.H.; Hooijer, G.K.; Hornshøj, H.; Hosoda, F.; Hou, Y.; Hovestadt, V.; Howat, W.; Hoyle, A.P.; Hruban, R.H.; Hu, J.; Hu, T.; Hua, X.; Huang, K.-L.; Huang, M.; Huang, M.N.; Huang, V.; Huang, Y.; Huber, W.; Hudson, T.J.; Hummel, M.; Hung, J.A.; Huntsman, D.; Hupp, T.R.; Huse, J.; Huska, M.R.; Hutter, B.; Hutter, C.M.; Hübschmann, D.; Iacobuzio-Donahue, C.A.; Imbusch, C.D.; Imielinski, M.; Imoto, S.; Isaacs, W.B.; Isaev, K.; Ishikawa, S.; Iskar, M.; Islam, S.M.A.; Ittmann, M.; Ivkovic, S.; Izarzugaza, J.M.G.; Jacquemier, J.; Jakrot, V.; Jamieson, N.B.; Jang, G.H.; Jang, S.J.; Jayaseelan, J.C.; Jayasinghe, R.; Jefferys, S.R.; Jegalian, K.; Jennings, J.L.; Jeon, S.-H.; Jerman, L.; Ji, Y.; Jiao, W.; Johansson, P.A.; Johns, A.L.; Johns, J.; Johnson, R.; Johnson, T.A.; Jolly, C.; Joly, Y.; Jonasson, J.G.; Jones, C.D.; Jones, D.R.; Jones, D.T.W.; Jones, N.; Jones, S.J.M.; Jonkers, J.; Ju, Y.S.; Juhl, H.; Jung, J.; Juul, M.; Juul, R.I.; Juul, S.; Jäger, N.; Kabbe, R.; Kahles, A.; Kahraman, A.; Kaiser, V.B.; Kakavand, H.; Kalimuthu, S.; von, Kalle C.; Kang, K.J.; Karaszi, K.; Karlan, B.; Karlić, R.; Karsch, D.; Kasaian, K.; Kassahn, K.S.; Katai, H.; Kato, M.; Katoh, H.; Kawakami, Y.; Kay, J.D.; Kazakoff, S.H.; Kazanov, M.D.; Keays, M.; Kebebew, E.; Kefford, R.F.; Kench, J.G.; Kennedy, C.J.; Kerssemakers, J.N.A.; Khoo, D.; Khoo, V.; Khuntikeo, N.; Khurana, E.; Kilpinen, H.; Kim, H.K.; Kim, H.-L.; Kim, H.-Y.; Kim, H.; Kim, J.; Kim, J.; Kim, J.K.; Kim, Y.; King, T.A.; Klapper, W.; Kleinheinz, K.; Klimczak, L.J.; Knappskog, S.; Kneba, M.; Knoppers, B.M.; Koh, Y.; Jan, Komorowski; Komura, D.; Komura, M.; Kong, G.; Kool, M.; Korbel, J.O.; Korchina, V.; Korshunov, A.; Koscher, M.; Koster, R.; Kote-Jarai, Z.; Koures, A.; Kovacevic, M.; Kremeyer, B.; Kretzmer, H.; Kreuz, M.; Krishnamurthy, S.; Kube, D.; Kumar, K.; Kumar, P.; Kumar, S.; Kumar, Y.; Kundra, R.; Kübler, K.; Küppers, R.; Lagergren, J.; Lai, P.H.; Laird, P.W.; Lakhani, S.R.; Lalansingh, C.M.; Lalonde, E.; Lamaze, F.C.; Lambert, A.; Lander, E.; Landgraf, P.; Landoni, L.; Langerød, A.; Lanzós, A.; Larsimont, D.; Larsson, E.; Lathrop, M.; Lau, L.M.S.; Lawerenz, C.; Lawlor, R.T.; Lawrence, M.S.; Lazar, A.J.; Lazic, A.M.; Le, X.; Lee, D.; Lee, D.; Lee, E.A.; Lee, H.J.; Lee, J.J.-K.; Lee, J.-Y.; Lee, J.; Lee, M.T.M.; Lee-Six, H.; Lehmann, K.-V.; Lehrach, H.; Lenze, D.; Leonard, C.R.; Leongamornlert, D.A.; Leshchiner, I.; Letourneau, L.; Letunic, I.; Levine, D.A.; Lewis, L.; Ley, T.; Li, C.; Li, C.H.; Li, H.I.; Li, J.; Li, L.; Li, S.; Li, S.; Li, X.; Li, X.; Li, X.; Li, Y.; Liang, H.; Liang, S.-B.; Lichter, P.; Lin, P.; Lin, Z.; Linehan, W.M.; Lingjærde, O.C.; Liu, D.; Liu, E.M.; Liu, F.-F.F.; Liu, F.; Liu, J.; Liu, X.; Livingstone, J.; Livitz, D.; Livni, N.; Lochovsky, L.; Loeffler, M.; Long, G.V.; Lopez-Guillermo, A.; Lou, S.; Louis, D.N.; Lovat, L.B.; Lu, Y.; Lu, Y.-J.; Lu, Y.; Luchini, C.; Lungu, I.; Luo, X.; Luxton, H.J.; Lynch, A.G.; Lype, L.; López, C.; López-Otín, C.; Ma, E.Z.; Ma, Y.; MacGrogan, G.; MacRae, S.; Macintyre, G.; Madsen, T.; Maejima, K.; Mafficini, A.; Maglinte, D.T.; Maitra, A.; Majumder, P.P.; Malcovati, L.; Malikic, S.; Malleo, G.; Mann, G.J.; Mantovani-Löffler, L.; Marchal, K.; Marchegiani, G.; Mardis, E.R.; Margolin, A.A.; Marin, M.G.; Markowetz, F.; Markowski, J.; Marks, J.; Marques-Bonet, T.; Marra, M.A.; Marsden, L.; Martens, J.W.M.; Martin, S.; Martin-Subero, J.I.; Martincorena, I.; Martinez-Fundichely, A.; Maruvka, Y.E.; Mashl, R.J.; Massie, C.E.; Matthew, T.J.; Matthews, L.; Mayer, E.; Mayes, S.; Mayo, M.; Mbabaali, F.; McCune, K.; McDermott, U.; McGillivray, P.D.; McLellan, M.D.; McPherson, J.D.; McPherson, J.R.; McPherson, T.A.; Meier, S.R.; Meng, A.; Meng, S.; Menzies, A.; Merrett, N.D.; Merson, S.; Meyerson, M.; Meyerson, W.; Mieczkowski, P.A.; Mihaiescu, G.L.; Mijalkovic, S.; Mikkelsen, T.; Milella, M.; Mileshkin, L.; Miller, C.A.; Miller, D.K.; Miller, J.K.; Mills, G.B.; Milovanovic, A.; Minner, S.; Miotto, M.; Arnau, G.M.; Mirabello, L.; Mitchell, C.; Mitchell, T.J.; Miyano, S.; Miyoshi, N.; Mizuno, S.; Molnár-Gábor, F.; Moore, M.J.; Moore, R.A.; Morganella, S.; Morris, Q.D.; Morrison, C.; Mose, L.E.; Moser, C.D.; Muiños, F.; Mularoni, L.; Mungall, A.J.; Mungall, K.; Musgrove, E.A.; Mustonen, V.; Mutch, D.; Muyas, F.; Muzny, D.M.; Muñoz, A.; Myers, J.; Myklebost, O.; Möller, P.; Nagae, G.; Nagrial, A.M.; Nahal-Bose, H.K.; Nakagama, H.; Nakagawa, H.; Nakamura, H.; Nakamura, T.; Nakano, K.; Nandi, T.; Nangalia, J.; Nastic, M.; Navarro, A.; Navarro, F.C.P.; Neal, D.E.; Nettekoven, G.; Newell, F.; Newhouse, S.J.; Newton, Y.; Ng, A.W.T.; Ng, A.; Nicholson, J.; Nicol, D.; Nie, Y.; Nielsen, G.P.; Nielsen, M.M.; Nik-Zainal, S.; Noble, M.S.; Nones, K.; Northcott, P.A.; Notta, F.; O’Connor, B.D.; O’Donnell, P.; O’Donovan, M.; O’Meara, S.; O’Neill, B.P.; O’Neill, J.R.; Ocana, D.; Ochoa, A.; Oesper, L.; Ogden, C.; Ohdan, H.; Ohi, K.; Ohno-Machado, L.; Oien, K.A.; Ojesina, A.I.; Ojima, H.; Okusaka, T.; Omberg, L.; Ong, C.K.; Ossowski, S.; Ott, G.; Ouellette, B.F.F.; P’ng, C.; Paczkowska, M.; Paiella, S.; Pairojkul, C.; Pajic, M.; Pan-Hammarström, Q.; Papaemmanuil, E.; Papatheodorou, I.; Paramasivam, N.; Park, J.W.; Park, J.-W.; Park, K.; Park, K.; Park, P.J.; Parker, J.S.; Parsons, S.L.; Pass, H.; Pasternack, D.; Pastore, A.; Patch, A.-M.; Pauporté, I.; Pea, A.; Pearson, J.V.; Pedamallu, C.S.; Pedersen, J.S.; Pederzoli, P.; Peifer, M.; Pennell, N.A.; Perou, C.M.; Perry, M.D.; Petersen, G.M.; Peto, M.; Petrelli, N.; Petryszak, R.; Pfister, S.M.; Phillips, M.; Pich, O.; Pickett, H.A.; Pihl, T.D.; Pillay, N.; Pinder, S.; Pinese, M.; Pinho, A.V.; Pitkänen, E.; Pivot, X.; Piñeiro-Yáñez, E.; Planko, L.; Plass, C.; Polak, P.; Pons, T.; Popescu, I.; Potapova, O.; Prasad, A.; Preston, S.R.; Prinz, M.; Pritchard, A.L.; Prokopec, S.D.; Provenzano, E.; Puente, X.S.; Puig, S.; Puiggròs, M.; Pulido-Tamayo, S.; Pupo, G.M.; Purdie, C.A.; Quinn, M.C.; Rabionet, R.; Rader, J.S.; Radlwimmer, B.; Radovic, P.; Raeder, B.; Raine, K.M.; Ramakrishna, M.; Ramakrishnan, K.; Ramalingam, S.; Raphael, B.J.; Rathmell, W.K.; Rausch, T.; Reifenberger, G.; Reimand, J.; Reis-Filho, J.; Reuter, V.; Reyes-Salazar, I.; Reyna, M.A.; Reynolds, S.M.; Rheinbay, E.; Riazalhosseini, Y.; Richardson, A.L.; Richter, J.; Ringel, M.; Ringnér, M.; Rino, Y.; Rippe, K.; Roach, J.; Roberts, L.R.; Roberts, N.D.; Roberts, S.A.; Robertson, A.G.; Robertson, A.J.; Rodriguez, J.B.; Rodriguez-Martin, B.; Rodríguez-González, F.G.; Roehrl, M.H.A.; Rohde, M.; Rokutan, H.; Romieu, G.; Rooman, I.; Roques, T.; Rosebrock, D.; Rosenberg, M.; Rosenstiel, P.C.; Rosenwald, A.; Rowe, E.W.; Royo, R.; Rozen, S.G.; Rubanova, Y.; Rubin, M.A.; Rubio-Perez, C.; Rudneva, V.A.; Rusev, B.C.; Ruzzenente, A.; Rätsch, G.; Sabarinathan, R.; Sabelnykova, V.Y.; Sadeghi, S.; Sahinalp, S.C.; Saini, N.; Saito-Adachi, M.; Saksena, G.; Salcedo, A.; Salgado, R.; Salichos, L.; Sallari, R.; Saller, C.; Salvia, R.; Sam, M.; Samra, J.S.; Sanchez-Vega, F.; Sanders, G.; Sarin, R.; Sarrafi, I.; Sasaki-Oku, A.; Sauer, T.; Sauter, G.; Saw, R.P.M.; Scardoni, M.; Scarlett, C.J.; Scarpa, A.; Scelo, G.; Schadendorf, D.; Schein, J.E.; Schilhabel, M.B.; Schlesner, M.; Schlomm, T.; Schmidt, H.K.; Schramm, S.-J.; Schreiber, S.; Schultz, N.; Schumacher, S.E.; Schwarz, R.F.; Scolyer, R.A.; Scott, D.; Scully, R.; Seethala, R.; Segre, A.V.; Selander, I.; Semple, C.A.; Senbabaoglu, Y.; Sengupta, S.; Sereni, E.; Serra, S.; Sgroi, D.C.; Shackleton, M.; Shah, N.C.; Shahabi, S.; Shang, C.A.; Shang, P.; Shapira, O.; Shelton, T.; Shen, C.; Shen, H.; Shepherd, R.; Shi, R.; Shi, Y.; Shiah, Y.-J.; Shibata, T.; Shih, J.; Shimizu, E.; Shimizu, K.; Shin, S.J.; Shiraishi, Y.; Shmaya, T.; Shmulevich, I.; Shorser, S.I.; Short, C.; Shrestha, R.; Shringarpure, S.S.; Shriver, C.; Shuai, S.; Sidiropoulos, N.; Siebert, R.; Sieuwerts, A.M.; Sieverling, L.; Signoretti, S.; Sikora, K.O.; Simbolo, M.; Simon, R.; Simons, J.V.; Simpson, J.T.; Simpson, P.T.; Singer, S.; Sinnott-Armstrong, N.; Sipahimalani, P.; Skelly, T.J.; Smid, M.; Smith, J.; Smith-McCune, K.; Socci, N.D.; Sofia, H.J.; Soloway, M.G.; Song, L.; Sood, A.K.; Sothi, S.; Sotiriou, C.; Soulette, C.M.; Span, P.N.; Spellman, P.T.; Sperandio, N.; Spillane, A.J.; Spiro, O.; Spring, J.; Staaf, J.; Stadler, P.F.; Staib, P.; Stark, S.G.; Stebbings, L.; Stefánsson, Ó.A.; Stegle, O.; Stein, L.D.; Stenhouse, A.; Stewart, C.; Stilgenbauer, S.; Stobbe, M.D.; Stratton, M.R.; Stretch, J.R.; Struck, A.J.; Stuart, J.M.; Stunnenberg, H.G.; Su, H.; Su, X.; Sun, R.X.; Sungalee, S.; Susak, H.; Suzuki, A.; Sweep, F.; Szczepanowski, M.; Sültmann, H.; Yugawa, T.; Tam, A.; Tamborero, D.; Tan, B.K.T.; Tan, D.; Tan, P.; Tanaka, H.; Taniguchi, H.; Tanskanen, T.J.; Tarabichi, M.; Tarnuzzer, R.; Tarpey, P.; Taschuk, M.L.; Tatsuno, K.; Tavaré, S.; Taylor, D.F.; Taylor-Weiner, A.; Teague, J.W.; Teh, B.T.; Tembe, V.; Temes, J.; Thai, K.; Thayer, S.P.; Thiessen, N.; Thomas, G.; Thomas, S.; Thompson, A.; Thompson, A.M.; Thompson, J.F.F.; Thompson, R.H.; Thorne, H.; Thorne, L.B.; Thorogood, A.; Tiao, G.; Tijanic, N.; Timms, L.E.; Tirabosco, R.; Tojo, M.; Tommasi, S.; Toon, C.W.; Toprak, U.H.; Torrents, D.; Tortora, G.; Tost, J.; Totoki, Y.; Townend, D.; Traficante, N.; Treilleux, I.; Trotta, J.-R.; Trümper, L.H.P.; Tsao, M.; Tsunoda, T.; Tubio, J.M.C.; Tucker, O.; Turkington, R.; Turner, D.J.; Tutt, A.; Ueno, M.; Ueno, N.T.; Umbricht, C.; Umer, H.M.; Underwood, T.J.; Urban, L.; Urushidate, T.; Ushiku, T.; Uusküla-Reimand, L.; Valencia, A.; Van, Den Berg D.J.; Van, Laere S.; Van, Loo P.; Van, Meir E.G.; Van, den Eynden G.G.; Van, der Kwast T.; Vasudev, N.; Vazquez, M.; Vedururu, R.; Veluvolu, U.; Vembu, S.; Verbeke, L.P.C.; Vermeulen, P.; Verrill, C.; Viari, A.; Vicente, D.; Vicentini, C.; VijayRaghavan, K.; Viksna, J.; Vilain, R.E.; Villasante, I.; Vincent-Salomon, A.; Visakorpi, T.; Voet, D.; Vyas, P.; Vázquez-García, I.; Waddell, N.M.; Waddell, N.; Wadelius, C.; Wadi, L.; Wagener, R.; Wala, J.A.; Wang, J.; Wang, J.; Wang, L.; Wang, Q.; Wang, W.; Wang, Y.; Wang, Z.; Waring, P.M.; Warnatz, H.-J.; Warrell, J.; Warren, A.Y.; Waszak, S.M.; Wedge, D.C.; Weichenhan, D.; Weinberger, P.; Weinstein, J.N.; Weischenfeldt, J.; Weisenberger, D.J.; Welch, I.; Wendl, M.C.; Werner, J.; Whalley, J.P.; Wheeler, D.A.; Whitaker, H.C.; Wigle, D.; Wilkerson, M.D.; Williams, A.; Wilmott, J.S.; Wilson, G.W.; Wilson, J.M.; Wilson, R.K.; Winterhoff, B.; Wintersinger, J.A.; Wiznerowicz, M.; Wolf, S.; Wong, B.H.; Wong, T.; Wong, W.; Woo, Y.; Wood, S.; Wouters, B.G.; Wright, A.J.; Wright, D.W.; Wright, M.H.; Wu, C.-L.; Wu, D.-Y.; Wu, J.; Wu, K.; Wu, Y.; Wu, Z.; Xi, L.; Xia, T.; Xiang, Q.; Xiao, X.; Xing, R.; Xiong, H.; Xu, Q.; Xu, Y.; Xue, H.; Yachida, S.; Yakneen, S.; Yamaguchi, R.; Yamaguchi, T.N.; Yamamoto, M.; Yamamoto, S.; Yamaue, H.; Yang, F.; Yang, H.; Yang, J.Y.; Yang, L.; Yang, L.; Yang, S.; Yang, T.-P.; Yang, Y.; Yao, X.; Yaspo, M.-L.; Yates, L.; Yau, C.; Ye, C.; Ye, K.; Yellapantula, V.D.; Yoon, C.J.; Yoon, S.-S.; Yousif, F.; Yu, J.; Yu, K.; Yu, W.; Yu, Y.; Yuan, K.; Yuan, Y.; Yuen, D.; Yung, C.K.; Zaikova, O.; Zamora, J.; Zapatka, M.; Zenklusen, J.C.; Zenz, T.; Zeps, N.; Zhang, C.-Z.; Zhang, F.; Zhang, H.; Zhang, H.; Zhang, H.; Zhang, J.; Zhang, J.; Zhang, J.; Zhang, X.; Zhang, X.; Zhang, Y.; Zhang, Z.; Zhao, Z.; Zheng, L.; Zheng, X.; Zhou, W.; Zhou, Y.; Zhu, B.; Zhu, H.; Zhu, J.; Zhu, S.; Zou, L.; Zou, X.; deFazio, A.; van, As N.; van, Deurzen C.H.M.; van, de Vijver M.J.; van’t, Veer L.; von, Mering C.; PCAWG Drivers and Functional Interpretation Working Group; PCAWG Consortium
- Issue Date
- Dec-2020
- Publisher
- Nature Research
- Citation
- Nature Communications, v.11, no.1
- Journal Title
- Nature Communications
- Volume
- 11
- Number
- 1
- ISSN
- 2041-1723
- Abstract
- The catalog of cancer driver mutations in protein-coding genes has greatly expanded in the past decade. However, non-coding cancer driver mutations are less well-characterized and only a handful of recurrent non-coding mutations, most notably TERT promoter mutations, have been reported. Here, as part of the ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium, which aggregated whole genome sequencing data from 2658 cancer across 38 tumor types, we perform multi-faceted pathway and network analyses of non-coding mutations across 2583 whole cancer genomes from 27 tumor types compiled by the ICGC/TCGA PCAWG project that was motivated by the success of pathway and network analyses in prioritizing rare mutations in protein-coding genes. While few non-coding genomic elements are recurrently mutated in this cohort, we identify 93 genes harboring non-coding mutations that cluster into several modules of interacting proteins. Among these are promoter mutations associated with reduced mRNA expression in TP53, TLE4, and TCF4. We find that biological processes had variable proportions of coding and non-coding mutations, with chromatin remodeling and proliferation pathways altered primarily by coding mutations, while developmental pathways, including Wnt and Notch, altered by both coding and non-coding mutations. RNA splicing is primarily altered by non-coding mutations in this cohort, and samples containing non-coding mutations in well-known RNA splicing factors exhibit similar gene expression signatures as samples with coding mutations in these genes. These analyses contribute a new repertoire of possible cancer genes and mechanisms that are altered by non-coding mutations and offer insights into additional cancer vulnerabilities that can be investigated for potential therapeutic treatments. © 2020, The Author(s).
- Files in This Item
- There are no files associated with this item.
- Appears in
Collections - 의과대학 > 의예과 > 1. Journal Articles
Items in ScholarWorks are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.
Related Researcher
- Ahn, Sung Min
- College of Medicine (Premedical Course)